Ubuntu11.10 Quantum ESPRESSOのインストール
第一原理計算ソフト、Quantum ESPRESSOの導入方法の解説。
そもそもQuantum ESPRESSOとは何か？と言う場合はググってください。
ちなみにWIEN2kと異なり無料です。
使い方のページもそのうち作れたらなぁ、と思っています。
ちなみに、公式のチュートリアルは以下のページで見ることができます。
Quantum ESPRESSO Tutorial
準備
事前に必要なのは、build-essential, gfortran, fftw3-devの三つです。
これをインストールします。
端末を開いて
$ sudo apt-get install build-essential fftw3-dev gfortran
でインストールします。
実行ファイルはgfortranよりもifortで作った方が早いので、そっちを使いたい場合はgfortranの代わりにifortをインストールしてください。
cmphysの日記
ifortのインストールが終わったら、端末で次の様に入力します。
$ sudo apt-get install liblapack-dev fftw-dev
これで準備は終わりです。
Quantum ESPRESSOのインストール
Quantum ESPRESSOのダウンロードは次のページから行います。
qe-forge.org
以下、"espresso-5.0.tar.gz"をダウンロードしたとして話を進めましょう。
ダウンロードしたファイルをホーム・フォルダにおきます。
そして、端末で次の様に入力し、ファイルを展開します。
$ tar -xzvf espresso-5.0.tar.gz
展開できたら、展開先のフォルダに移動して、インストールします。
configureについてるオプションは、デフォルトではMPIを使用することになっているので、それをOpenMPを使うように変更しています。
MPIを使いたい場合はオプションを外します。
$ cd espresso-5.0
$ ./configure --enable-parallel=no --enable-openmp=yes
$ make all
最後の make all はちょっと時間がかかるので根気よく待ちましょう。
途中で
/usr/include/features.h(324): 致命的なエラー: ソース ファイル "bits/predefs.h" を開けません。
#include
^コンパイルは stack.c で異常終了しました (コード 4)。
と言われる場合があります。
この場合はなんらかの理由で bit/predefs.h がへんなところに行っているので(自分の場合は/usr/include/i386-linux-gnu/に入り込んでた)
とリンクを貼り、
$ make clean
$ make all
でもう一回コンパイルします。
インストールができたら、.bashrcを書き換えます、
ホーム・フォルダにある.bashrcを開きます。
（ちなみに、Linuxでファイルの最初にピリオドがついているのは隠しファイルで、Ctrl+hで表示できます。もう一回、Ctrl+hで再び隠れます）
このファイルの最後の行の下に以下の文を付け加えます。
export PATH=$PATH:/home/username/espresso-5.0/bin/
ただしusernameは、自分のユーザー名に変更してください。
保存できたら、パソコンを再起動するか、端末に戻って次のように入力します。
$ source ~/.bashrc
以上でインストールは終了しました。
ホーム・フォルダにあるespresso-5.0.tar.gzはもういらないので消しても構いません。
PWguiのインストール
GUI環境でQuantum ESPRESSOを使いたい場合は、PWguiをインストールします。
まず、端末を開き直すか、$ cd と入力してホーム・フォルダに戻ってください。
PWguiにはTcl8.5, iwidgets4の二つが必要です。
すでに入っているが最新バージョンではない場合は、アンインストール後、最新バージョンにインストールしなおしてください。
すでに入っている場合、そのバージョンは
$ sudo dpkg --get-selections | grep tcl
$ sudo dpkg --get-selections | grep iwidgets
で取得できます。
入っていない場合は何も表示されません。
最新バージョンではなかった場合、アンインストールは
$ sudo apt-get purge tclx.x
$ sudo apt-get purge iwidgetsx.x
で行います。xはさきほど取得したバージョン番号に置き換えます。
最新版のインストールは
$ sudo apt-get install tcl8.5 iwidgets4
で行います。
できたら、さきほどと同じページか、PWguiのホームページからダウンロードします。
qe-forge.org
http://www-k3.ijs.si/kokalj/pwgui/download.html
以下、"PWgui-5.0.tgz"をダウンロードしたとして話を進めましょう。
ちなみにPWguiのバージョン番号はESPRESSOのバージョン番号と違っててもいいみたいです。
このtgzファイルを「右クリック->ここに展開する」で展開すると"PWgui-5.0"というフォルダができるので、これをさきほどの"espresso-5.0"というフォルダに入れます。
最後に、ホーム・フォルダの.bashrcを開いて
export PATH=$PATH:/home/username/espresso-5.0/PWgui-5.0/
を、さきほど書いたものの次の行に付け加えてください。
再起動するか
$ source ~/.bashrc
を実行したらインストールは終了です。
コマンドラインから
$ pwgui
と入力して、PWguiが起動すれば成功です。
XCrySDen
XCrySDenは結晶構造などを画像で出力するソフトです。
以下のサイトからダウンロードできます。
最新版はVersion 1.5みたいですが、なぜかインストールできなかったのでVersion 1.4を使いました。
XCrySDen - (X-Window) Crystalline Structures and Densities
ダウンロードしたファイル(例えばxc-1.4.1bin-linuxPC-static.tar.gz)を展開して、espresso-5.0フォルダに'xcrysden'などという名前のフォルダを作って入れておきます。
$ cd
$ cd espresso-5.0/xcrysden/
$ ./xcConfigure
として、後は指示に従ってインストールしてください。
今度は.bashrcに自動的に書き込まれるので
$ xcrysden
と入力して起動したら成功です。
追記
$ sudo apt-get install xcrysden
でもインストールできました。
